Hands-On Gaussian

El objetivo de este Hands-on de Gaussian es el de aprender a usar Gaussian en el entorno de cálculo del CSUC. No se cubrirán aspectos que incumben al uso de Gaussian como tal.

Éste está dividido en varias partes que se centran en aspectos diferentes de SLURM y del entorno en general. También se estudiarán diferentes maneras de enviar trabajos de Gaussian, ya sea mediante un script de lanzamiento aparte del input de Gaussian o mediante la combinación de ambos.

0.- Warming the environment:

Aspectos a trabajar:

1. Log in al cluster. Comandos: ssh.
2. Obtención de los archivos. Comandos: scp o sftp y tar.
   1. Descargar los siguientes archivos (zip-file  inputs)
   2. Subida de los archivos al cluster.
   3. Descompresión.
3. Preparación del entorno de trabajo. Comandos: consum, quota, module av y module help.

1.- Optimization of K-Valinomycin structure:

Aspectos a trabajar:

1. Comprobar la disponibilidad del sistema (nodos, colas...). Comandos: sinfo y squeue.
2. Preparación de un script para lanzar trabajos al sistema de colas SLURM.
3. Envío de un trabajo serial a nodos estándard. Comandos: sbatch.
4. Monitorización del trabajo en sistema de colas y en nodo. Comandos: squeue y sstat.
5. Ejecución de un trabajo interactivo para visualización con Molden. Comandos: salloc.
6. Cálculo del coste de los trabajos.

Bibliography:

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2390915/

2.- Molecular Modelling of Caffeine:

Aspectos a trabajar:

1. Debug de un script de envío de SLURM.

   1. El siguiente script debe:

2. caffeine.slm

   # SBATCH -J caffeine
   # SBATCH -p std
   # SBATCH -n 3
   # SBATCH --mem-per-cpu=3998MB
   
   cp caffeine.com $SCRATCH
   
   case ${SLURM_ARRAY_TASK_ID} in
     0)  method="HF/STO-3G*";;
     1)  method="HF/3-21G*";;
     2)  method="HF/6-31G*";;
     3)  method="HF/6-31G**";;
     4)  method="HF/6-311G*";;
     5)  method="HF/6-311G**";;
     6)  method="B3LYP/STO-3G*";;
     7)  method="B3LYP/3-21G*";;
     8)  method="B3LYP/6-31G*";;
     9)  method="B3LYP/6-31G**";;
     10) method="B3LYP/6-311G*";;
     11) method="B3LYP/6-311G**";;
     *) echo "Unknown task ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}";;
   esac
   
   srun g16 \
     -p="2" \
     -m="6500MB" \
     -x="#P ${method} Opt Freq GFInput IOp(6/7=3)" < caffeine.com > caffeine.${SLURM_JOB_ID}_${SLURM_ARRAY_TASK_ID}.log
   
   cp ./* ${SLURM_SUBMIT_DIR}
   

3. Uso de arrays en SLURM. Comandos: sbatch -a.

Bibliography:

• http://www.scielo.br/scielo.php?pid=S0100-40422018000700732&script=sci_arttext

3.- Dopamine Autoxidation:

Aspectos a trabajar:

Teoría:

Bibliography:

• https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fnmol.2018.00467/full

Study of Molecular Orbitals of Ferrocene Molecule:

Aspectos a trabajar:

Bibliography:

• https://www.longdom.org/open-access/density-functional-study-of-molecular-orbitals-of-ferrocene-andcobaltocene-molecules-2161-0398-1000226.pdf