Metadades de la Ciència de la Vida

1. Design Type

CAMP REPOSITORI	OBLIGACIÓ	DEFINICIÓ	NOTES D’APLICACIÓ	EXEMPLE
Design Type	Opcional	Tipus de disseny en el que s’ha basat el disseny global de l’experiment.	Repetible. Case control Cross Sectional Cohort Study Nested Case Control Design Not Specified Parallel Group Design Perturbation Design Randomized Controlled Trial Technological Design Si de la llista de valors controlats no hi ha cap opció apropiada, seleccionar "Other" i escriure quin nom s'ha utilitzat al camp Other Organism.	Case control Randomized Controlled Trial

2. Other Design Type

CAMP REPOSITORI

OBLIGACIÓ

DEFINICIÓ

NOTES D’APLICACIÓ

EXEMPLE

Other Design Type

Opcional

Altre tipus de disseny en el que s’ha basat el disseny global de l’experiment.

Repetible.

Si s'ha seleccionat “Other” a Design Type, esmentar qualsevol altre tipus de disseny utilitzat al dataset.

Longitudinal study
Preclinical study

3. Factor Type

CAMP REPOSITORI	OBLIGACIÓ	DEFINICIÓ	NOTES D’APLICACIÓ	EXEMPLE
Factor Type	Opcional	Factors utilitzats al dataset.	Repetible. Age Biomarkers Cell Surface Markers Cell Type/Cell Line Developmental Stage Disease State Drug Susceptibility Extract Molecule Genetic Characteristics Immunoprecipitation Antibody Organism Other Passages Platform Sex Strain Time Point Tissue Type Treatment Compound Treatment Type Si de la llista de valors controlats no hi ha cap opció apropiada, seleccionar "Other" i escriure quin nom s'ha utilitzat al camp Other Factor Type.	Age Disease State Strain

4. Other Factor Type

CAMP REPOSITORI

OBLIGACIÓ

DEFINICIÓ

NOTES D’APLICACIÓ

EXEMPLE

Other Factor Type

Opcional

Altres tipus de factors utilitzats al dataset.

Repetible.

Si s'ha seleccionat “Other” a Factor Type, esmentar qualsevol altre tipus de factor utilitzat al dataset.

Stress

5. Organism

CAMP REPOSITORI	OBLIGACIÓ	DEFINICIÓ	NOTES D’APLICACIÓ	EXEMPLE
Organism	Opcional	Nom taxonòmic de l’organisme utilitzat a les dades o d’on provenen els materials biològics primaris.	Repetible. Arabidopsis thaliana Bos taurus Caenorhabditis elegans Chalmydomonas reinhardtii Danio rerio (zebrafish) Dictyostelium discoideum Drosophila melanogaster Escherichia coli Hepatitis C virus Homo sapiens Mus musculus Mycobacterium africanum Mycobacterium canetti Mycobacterium tuberculosis Mycoplasma pneumoniae Oryza sativa Plasmodium falciparum Pneumocystis carinii Rattys norvegicus Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Schizosaccharomyces pombe Takifugu rubripes Xenopus laevis Zea mays Other Si de la llista de valors controlats no hi ha cap opció apropiada, seleccionar "Other" i escriure quin nom s'ha utilitzat al camp Other Organism.	Homo sapiens Mus musculus

6. Other Organism

CAMP REPOSITORI

OBLIGACIÓ

DEFINICIÓ

NOTES D’APLICACIÓ

EXEMPLE

Other Organism

Opcional

Altre nom taxonòmic de l’organisme utilitzat a les dades o d’on provenen els materials biològics primaris.

Repetible.

Si s'ha seleccionat “Other” a Organism, esmentar qualsevol altre organisme utilitzat al dataset.

Es recomanen els termes de la taxonomia NCBI.

Aepyornis maximus
Puffinus olsoni

7. Measurement Type

CAMP REPOSITORI	OBLIGACIÓ	DEFINICIÓ	NOTES D’APLICACIÓ	EXEMPLE
Measurement Type	Opcional	Un terme per qualificar el punt final o bé el que s’està mesurant.	Repetible. cell counting cell sorting clinical chemistry analysis copy number variation profiling DNA methylation profiling DNA methylation profiling (Bisulfite-Seq) DNA methylation profiling (MeDIP-Seq) drug susceptibility environmental gene survey genome sequencing hematology histology Histone Modification (ChIP-Seq) loss of heterozygosity profiling metabolite profiling metagenome sequencing protein expression profiling protein identification protein-DNA binding site identification protein-protein interaction detection protein-RNA binding (RIP-Seq) SNP analysis targeted sequencing transcription factor binding (ChIP-Seq) transcription factor binding site identification transcription profiling transcription profiling (Microarray) transcription profiling (RNA-Seq) TRAP translational profiling Other Si de la llista de valors controlats no hi ha cap opció apropiada, seleccionar "Other" i escriure el terme al camp Other Measurement Type.	cell counting hematology

8. Other Measurement Type

CAMP REPOSITORI

OBLIGACIÓ

DEFINICIÓ

NOTES D’APLICACIÓ

EXEMPLE

Other Measurement Type

Opcional

Un altre terme per qualificar el punt final o bé el que s’està mesurant.

Repetible.

Si s'ha seleccionat “Other” a Measurament Type, esmentar qualsevol altre tipus de mesurament utilitzat al dataset.

Es recomanen els termes de NCBO Bioportal. Es tracta d'un registre amb centenars d'ontologies. Es pot seleccionar una ontologia i descarregar la versió més actual per veure els termes.

Behavioural assesment

9. Technology Type

CAMP REPOSITORI	OBLIGACIÓ	DEFINICIÓ	NOTES D’APLICACIÓ	EXEMPLE
Technology Type	Opcional	Terme utilitzat per definir la tecnologia utilitzada per fer el mesurament.	Repetible. culture based drug susceptibility testing, single concentration culture based drug susceptibility testing, two concentrations culture based drug susceptibility testing, three or more concentrations (minimum inhibitory concentration measurement) DNA microarray flow cytometry gel electrophoresis mass spectrometry NMR spectroscopy nucleotide sequencing protein microarray real time PCR no technology required Other Si de la llista de valors controlats no hi ha cap opció apropiada, seleccionar "Other" i escriure quin nom s'ha utilitzat al camp Other Technology Type.	DNA microarray mass spectrometry

10. Other Technology Type

CAMP REPOSITORI

OBLIGACIÓ

DEFINICIÓ

NOTES D’APLICACIÓ

EXEMPLE

Other Technology Type

Opcional

Un altre terme utilitzat per definir la tecnologia utilitzada per fer el mesurament.

Repetible.

Si s'ha seleccionat “Other” a Technology Type, esmentar qualsevol altre tipus de tecnologia utilitzat al dataset.

ELISA kit

11. Technology Platform

CAMP REPOSITORI

OBLIGACIÓ

DEFINICIÓ

NOTES D’APLICACIÓ

EXEMPLE

Technology Platform

Opcional

El fabricant i nom de la plataforma de tecnologia utilitzada a l’assaig.

Repetible.

210-MS GC Ion Trap (Varian)
220-MS GC Ion Trap (Varian)
225-MS GC Ion Trap (Varian)
240-MS GC Ion Trap (Varian)
300-MS quadrupole GC/MS (Varian)
320-MS LC/MS (Varian)
325-MS LC/MS (Varian)
320-MS GC/MS (Varian)
500-MS LC/MS (Varian)
800D (Jeol)
910-MS TQ-FT (Varian)
920-MS TQ-FT (Varian)
3100 Mass Detector (Waters)
6110 Quadrupole LC/MS (Agilent)
6120 Quadrupole LC/MS (Agilent)
6130 Quadrupole LC/MS (Agilent)
6140 Quadrupole LC/MS (Agilent)
6310 Ion Trap LC/MS (Agilent)
6320 Ion Trap LC/MS (Agilent)
6330 Ion Trap LC/MS (Agilent)
6340 Ion Trap LC/MS (Agilent)
6410 Triple Quadrupole LC/MS (Agilent)
6430 Triple Quadrupole LC/MS (Agilent)
6460 Triple Quadrupole LC/MS (Agilent)
6490 Triple Quadrupole LC/MS (Agilent)
6530 Q-TOF LC/MS (Agilent)
6540 Q-TOF LC/MS (Agilent)
6210 TOF LC/MS (Agilent)
6220 TOF LC/MS (Agilent)
6230 TOF LC/MS (Agilent)
7000B Triple Quadrupole GC/MS (Agilent)
AccuTO DART (Jeol)
AccuTOF GC (Jeol)
AccuTOF LC (Jeol)
ACQUITY SQD (Waters)
ACQUITY TQD (Waters)
Agilent
Agilent 5975E GC/MSD (Agilent)
Agilent 5975T LTM GC/MSD (Agilent)
5975C Series GC/MSD (Agilent)
Affymetrix
amaZon ETD ESI Ion Trap (Bruker)
amaZon X ESI Ion Trap (Bruker)
apex-ultra hybrid Qq-FTMS (Bruker)
API 2000 (AB Sciex)
API 3200 (AB Sciex)
API 3200 QTRAP (AB Sciex)
API 4000 (AB Sciex)
API 4000 QTRAP (AB Sciex)
API 5000 (AB Sciex)
API 5500 (AB Sciex)
API 5500 QTRAP (AB Sciex)
Applied Biosystems Group (ABI)
AQI Biosciences
Atmospheric Pressure GC (Waters)
autoflex III MALDI-TOF MS (Bruker)
autoflex speed(Bruker)
AutoSpec Premier (Waters)
AXIMA Mega TOF (Shimadzu)
AXIMA Performance MALDI TOF/TOF (Shimadzu)
A-10 Analyzer (Apogee)
A-40-MiniFCM (Apogee)
Bactiflow (Chemunex SA)
Base4innovation
BD BACTET MGIT 320
BD BACTET MGIT 960
BD Radiometric BACTET 460TB
BioNanomatrix
Cell Lab Quanta SC (Becman Coulter)
Clarus 560 D GC/MS (PerkinElmer)
Clarus 560 S GC/MS (PerkinElmer)
Clarus 600 GC/MS (PerkinElmer)
Complete Genomics
Cyan (Dako Cytomation)
CyFlow ML (Partec)
Cyow SL (Partec)
CyFlow SL3 (Partec)
CytoBuoy (Cyto Buoy Inc)
CytoSence (Cyto Buoy Inc)
CytoSub (Cyto Buoy Inc)
Danaher
DFS (Thermo Scientific)
Exactive (Thermo Scientific)
FACS Canto (Becton Dickinson)
FACS Canto2 (Becton Dickinson)
FACS Scan (Becton Dickinson)
FC 500 (Becman Coulter)
GCmate II GC/MS (Jeol)
GCMS-QP2010 Plus (Shimadzu)
GCMS-QP2010S Plus (Shimadzu)
GCT Premier (Waters)
GENEQ
Genome Corp.
GenoVoxx
GnuBio
Guava EasyCyte Mini (Millipore)
Guava EasyCyte Plus (Millipore)
Guava Personal Cell Analysis (Millipore)
Guava Personal Cell Analysis-96 (Millipore)
Helicos BioSciences
Illumina
Indirect proportion method on LJ medium
Indirect proportion method on Middlebrook Agar 7H9
Indirect proportion method on Middlebrook Agar 7H10
Indirect proportion method on Middlebrook Agar 7H11
inFlux Analyzer (Cytopeia)
Intelligent Bio-Systems
ITQ 700 (Thermo Scientific)
ITQ 900 (Thermo Scientific)
ITQ 1100 (Thermo Scientific)
JMS-53000 SpiralTOF (Jeol)
LaserGen
LCMS-2020 (Shimadzu)
LCMS-2010EV (Shimadzu)
LCMS-IT-TOF (Shimadzu)
Li-Cor
Life Tech
LightSpeed Genomics
LCT Premier XE (Waters)
LCQ Deca XP MAX (Thermo Scientific)
LCQ Fleet (Thermo Scientific)
LXQ (Thermo Scientific)
LTQ Classic (Thermo Scientific)
LTQ XL (Thermo Scientific)
LTQ Velos (Thermo Scientific)
LTQ Orbitrap Classic (Thermo Scientific)
LTQ Orbitrap XL (Thermo Scientific)
LTQ Orbitrap Discovery (Thermo Scientific)
LTQ Orbitrap Velos (Thermo Scientific)
Luminex 100 (Luminex)
Luminex 200 (Luminex)
MACS Quant (Miltenyi)
MALDI SYNAPT G2 HDMS (Waters)
MALDI SYNAPT G2 MS (Waters)
MALDI SYNAPT HDMS (Waters)
MALDI SYNAPT MS (Waters)
MALDI micro MX (Waters)
maXis (Bruker)
maXis G4 (Bruker)
microflex LT MALDI-TOF MS (Bruker)
microflex LRF MALDI-TOF MS (Bruker)
microflex III MALDI-TOF MS (Bruker)
micrOTOF II ESI TOF (Bruker)
micrOTOF-Q II ESI-Qq-TOF (Bruker)
microplate Alamar Blue (resazurin) colorimetric method
Mstation (Jeol)
MSQ Plus (Thermo Scientific)
NABsys
Nanophotonics Biosciences
Network Biosystems
Nimblegen
Oxford Nanopore Technologies
Pacific Biosciences
Population Genetics Technologies
Q1000GC UltraQuad (Jeol)
Quattro micro API (Waters)
Quattro micro GC (Waters)
Quattro Premier XE (Waters)
QSTAR (AB Sciex)
Reveo
Roche
Seirad
solariX hybrid Qq-FTMS (Bruker)
Somacount (Bently Instruments)
SomaScope (Bently Instruments)
SYNAPT G2 HDMS (Waters)
SYNAPT G2 MS (Waters)
SYNAPT HDMS (Waters)
SYNAPT MS (Waters)
TripleTOF 5600 (AB Sciex)
TSQ Quantum Ultra (Thermo Scientific)
TSQ Quantum Access (Thermo Scientific)
TSQ Quantum Access MAX (Thermo Scientific)
TSQ Quantum Discovery MAX (Thermo Scientific)
TSQ Quantum GC (Thermo Scientific)
TSQ Quantum XLS (Thermo Scientific)
TSQ Vantage (Thermo Scientific)
ultrafleXtreme MALDI-TOF MS (Bruker)
VisiGen Biotechnologies
Xevo G2 QTOF (Waters)
Xevo QTof MS (Waters)
Xevo TQ MS (Waters)
Xevo TQ-S (Waters)
Other

Si de la llista de valors controlats no hi ha cap opció apropiada, seleccionar "Other" i escriure quin nom s'ha utilitzat al camp Other Technology Platform.

Cell Lab Quanta SC (Becman Coulter)
300-MS quadrupole GC/MS (Varian)

12. Other Technology Platform

CAMP REPOSITORI

OBLIGACIÓ

DEFINICIÓ

NOTES D’APLICACIÓ

EXEMPLE

Other Technology Platform

Opcional

Un altre terme utilitzat per definir la tecnologia utilitzada per fer el mesurament.

Repetible.

Si s'ha seleccionat “Other” a Technology Type, esmentar qualsevol altre tipus de tecnologia utilitzat al dataset.

Enzo Life Sciences, Cat #ADI-901-097

13. Cell Type

CAMP REPOSITORI

OBLIGACIÓ

DEFINICIÓ

NOTES D’APLICACIÓ

EXEMPLE

Cell Type

Opcional

El nom de la línia cel·lular de la que deriva la font o la mostra.

Repetible.

Es recomana l'ús dels termes de Cell Ontology.

Collar cell
Scleral cell
Unimodal nocireceptor

La guia per editar metadades de la Ciència de la Vida pren de referència la "Dataverse North Metadata Best Practices Guide v 3.0" (2021).

Space shortcuts

Page tree