Versions Compared

Old Version 3

changes.mady.by.user Ismael Fernandez

Saved on

compared with

New Version 4

changes.mady.by.user Ismael Fernandez

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.
Excerpt
Section
Column
width30%
Panel
borderColor#2A7886
titleColor#fff
borderWidth2
titleBGColor#2A7886
titleInformation

Purpose:

 

Drug design, Molecular Dynamics
Latest version: 2018-4
Licence:

Proprietary

(warning) Must be provided by the user.
                 Proprietary License
Website: https://www.schrodinger.com/_ext-link

Column
width70%

Schrödinger is a suite of programs for drug design, bioinformatics and molecular dynamics.

Schrödinger is a highly modular suite of programs for a variety of simulation, design, visualisation, docking, modelling and bio/chemoinformatics purposes. Several distributions focus on drug design, materials science, biological systems and data treatment and visualisation, providing tools for pre- and post-processing, interfaces, analysis and optimisation for custom workflows between the programs and integrated environments. Schrödinger suites contain programs also available as stand-alone releases, such as Desmond or Jaguar.

--mem, --mem-per-cpu: Memory allocated per node/core respectively. If it is not specified SLURM associates:
  • 3998MB per requested core in std and gpu nodes.
    • 24180MB per requested core in mem nodes

    Available modules:

    • Canvas: Entorn de treball enfocat a la quimioinformàtica.
    • ConfGen: Anàlisi conformacional de molècules.
    • Desmond: Dinàmiques moleculars d’alt rendiment.
    • Epik: Predicció dels estats de protonació del lligand mitjançant càlculs del pKa.
    • Glide: Docking lligand-receptor per virtual screening.
    • Jaguar: Modelització ab initio de molècules petites.
    • Jaguar pKa: Predicció de pKa en dissolució aquosa mitjançant mètodes ab initio.
    • LigPrep: Generació d'estructures 3D de lligands a partir de models 2D.
    • MacroModel: Modelització molecular (minimització, dinàmica, anàlisi conformacional...).
    • Phase: Generació de farmacòfors per ligand-based drug design.
    • Shape Screening: Eïna per a buscar similituds de manera ràpida i eficient. A fast and efficient tool for shape-based superposition and similarity searching.
    • Prime: Predicció d'estructura de proteïnes, permetent també generar models de receptor per structure-based drug design.
    • QikProp: Predicció de propietats ADME de candidats a fàrmacs.
    • QSite: Càlcul de mecanismes de reacció mitjançant metodologia QM/MM.
    • SiteMap: Identificació de centres actius de manera rápida i acurada.
    • Strike: Predicció de relacions estructura-activitat (QSAR).
    • OPLS3: Per a paràmetres precisos de camps de forces.
    • KNIME: Conjunt d’eines per a l'automatització de processos i d’anàlisi de dades.

    Sbatch options:

    • -J: Specify a name for the job allocation. The default is the name of the batch script.
    • -e: Specify a name for the error output file.
    • -o: Specify a name for the output file.
    • -p: Specify the name of the partition (queue) where the job will be submitted. The default is std.
    • --nodes: Number of nodes requested for allocation.
    • --ntasks: Number of processes requested for allocation.
    • .